De Mugen 6 is voorzien van een grondig herontworpen koelblok. Daarnaast wordt hij geleverd met een Scythe Wonder Tornado 120 mm ventilator. Het koelblok heeft een om 45% verhoogd aantal lamellen, maar behoudt tegelijkertijd een hoogte van slechts 154 mm. Door deze configuratie met een hogere lamellendichtheid wordt een verbeterde warmteafvoer bereikt. Het asymmetrische ontwerp zorgt voor een hoge compatibiliteit met de meeste behuizingen en moederborden. De ventilator heeft een ontwerp met 9 bladen en maakt gebruik van een betrouwbaar, afgesloten precisielager met vloeistofdynamische werking. Het eenvoudig te installeren H.P.M.S. V montagesysteem biedt optimale contactdruk en compatibiliteit met de nieuwste CPU-sockettypes, waaronder Intel LGA 1700 en AMD AM5.